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프로그램을 사용하는 개발자중 한번쯤은 ‘바이오인포매틱스’라는 용어를 접해봤으리라 생각한다. 그리고 이 용어를 그저 단순하게, ‘생물학+전산학’이라는 추상적인 개념으로 받아들인 독자가 많으리라 생각한다. 국내에서도 이미 바이오 벤처 기업들이 많이 생겨나고 있으며, 이 분야에 대한 관심이 집중되고 있다. 이 책은 그와 같은 추상적인 개념에서 실제 사용되는 프로그램을 작성해보면서 바이오인포매틱스 분야에 대해 조금 더 명료한 답을 제시해 줄 것이다.



이 책은 생물학과 관련된 개념에 대해서는 다루지 않는다. 즉, DNA 서열이나 RNA와 같은 생물학에서 사용되는 언어에 대한 설명은 따로 지면을 할애하여 설명하고 있지 않다는 말이다. 책의 주제가 ‘펄로 시작하는 바이오인포매틱스’인 만큼 펄이라는 언어로 생물학에서 주어지는 과제의 해결 방법을 제시하고 있다. 물론 생물학에 대한 고급 지식을 가지고 있는 독자라면 더욱 유용한 서적이 될 수 있으리라 생각한다. 이와 같은 생소한 용어들을 접할 때 전산학을 전공한 독자라면 조금 당황스러울지도 모르겠다. 하지만, 프로그램을 작성하는 면에서는 위와 같은 생물학 지식을 제외하고, 프로그램의 스펙을 명확히 알 수 있으므로 프로그램을 작성하는 데 별 무리는 없다.



앞서 말했던 것과 같이 이 책은 펄이라는 언어로 생물학 과제를 쉽고 효율적으로 해결할 수 있는 방법을 제시하는 서적이다. 입문 서적이므로 펄이라는 언어를 접해보지 못했거나 초보자라고 해도 책을 읽는 데에 부담이 없다. 펄 언어에 대해 초보 입장에서 설명을 하여, 펄 언어를 사용하는 방법에 대한 내용이 많이 실려 있기 때문이다.



이책의 구성은 다음과 같다.

1장 생물학과 전산학

이 장에서는 생물학과 컴퓨터 과학이 어떻게 접목되어 있는지 설명하고 분자 생물학의 몇 가지 주요한 개념에 대해 설명한다.

2장 펄 시작하기

펄을 설치하는 방법과 실행 방법을 설명한다.

3장 프로그래밍 기술

프로그래밍의 일반적인 방법을 설명한다.

4장 서열과 문자열

DNA를 RNA로 전사하는 방법과 서열을 연결하여 DNA의 역상보를 만들고 해석하는 방법에 대해 설명한다.

5장 모티프와 루프

펄 언어의 기초를 자세히 설명하여 키보드를 이용한 사용자 인터페이스, 파일에 데이터 쓰기등 펄의 문법과 사용법을 자세하게 설명한다.

6장 서브루틴과 버그

펄 디버거를 이용한 디버깅과 구조화된 프로그래밍을 하기위한 서브 루틴의 사용법에 대해 설명한다.

7장 변의와 임의화

펄에서 랜덤한 수를 발생하여 임의 사건으로 모형화하고, DNA서열 데이터의 조합을 생성하고, 반복적으로 DNA를 변이 시키기 위해 임의수를 사용한다.

8장 유전자 코드

유전자 코드를 사용해 DNA를 단백질로 변환하는 방법을 설명한다. 그리고, 해시 데이터, 정렬, 비정렬 배열, 이진 탐색, 관계형 데이터베이스와 같은 주제를 다루고 FASTA 포맷으로된 서열 데이터를 처리하는 방법을 설명한다.

9장 제한 지도와 정규표현식

10장 GenBank

11장 단백질 데이터 뱅크

12장 BLAST

특히 바이오인포매틱스에 관심이 있거나 관련 분야로 공부하고자 하는 독자가 있다면, 충분히 입문서로서 추천할 수 있는 책이라고 생각한다. 현재 바이오인포매틱스에 대해 구체적으로 다룬 서적은 드물어서 다른 서적과의 벤치마킹은 할 수 없지만, 책의 예제와 설명을 보면서 생물학 과제에 대해 추상적으로나마 알 수 있다. 또한 펄이라는 언어 역시 함께 배울수 있는 좋은 서적이라 생각한다.