진정한 의미의 바이오인포매틱스 입문서
과제 해결을 통해 프로그래밍을 스스로 익힌다.
이 책은 현재 나와있는 바이오인포매틱스 관련 서적 중 가장 실무적이며, 바이오인포매틱스를 이해하기 위해서 가장 먼저 읽어야 할 진정한 바이오인포매틱스 입문서라고 확신한다. -역자 서문 중에서-
학교 도서관에 대출 예약을 해두었더니 책을 받아가라는 통지가 왔다. 잠시 잊고 있었는데 확인해보니 누군가 이미 빌려가고 없었다. 이 책의 인기에는 이유가 있다. 가장 훌륭한 입문서이기 때문이다. 망설임 없이 책을 사기로 마음을 먹었다. -제임스 카베노(아마존 독자서평 중에서)-
펄은 생물학 자료 분석을 위한 가장 이상적인 언어이다. 이 책은 펄을 이용해 프로그래밍을 해본 적이 없는 생물학자가 펄을 사용해서 생물학 데이터를 처리할 수 있는 프로그램을 스스로 만들 수 있도록 하는 데 목적이 있다. 각 장은 특정 문제나 클래스 문제 해결에 중점을 두어 설명하며 프로그램을 조금씩 확장 수정해가며 완전한 프로그램으로 만들어간다. 각 장의 마지막에는 연습문제를 두어 실제로 특정 과제를 해결할 수 있는 프로그램을 작성해 볼 수 있도록 했다. 이 책을 읽은 후 독자들은 펄에 대한 기본 지식뿐만 아니라 BLAST와 GenBank를 파싱하는 작업을 위한 프로그램 모음, 고급 수준의 생명정보학 프로그램을 다루는 기술 모두를 이해할 수 있다.
주요 내용
- 프로그래밍 기초와 DNA 서열 및 문자열 작업
- 코드 디버깅
- 임의수 생성기를 이용한 유전자 변이 모의 실험
- 정규 표현식과 모티프 탐색
- 배열, 해시, 관계형 데이터베이스
- 정규 표현식과 제한 지도
- 펄을 사용한 PDB 레코드, GenBank 주석, BLAST 출력 파싱