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바이오인포매틱스(Bioinformatics)는 방법론이나 연구 대상의 범위에 따라 포함되는 세부 분야를 여러 가지로 정의할 수 있지만 포괄적으로는 생물학에서 전산학적인 계산 기술과 관련된 분야 전반을 지칭한다. 1990년대 말과 2000년 초에 인간을 비롯한 여러 생명체의 유전체 프로젝트(genome project)의 결과 발표와 함께 국내에서도 각광을 받기 시작한 분야이다. 국내에서는 최근에 소위 "떠오르는" 신학문으로 인식되고 있지만 사실 1960년대부터 M. Dayhoff나 R. Doolittle, M. Waterman, T. Smith 등에 의해 미국을 중심으로 시작되었다고 할 수 있다. 현재 국내의 현황을 살펴보면 연구개발 인력이 절대적으로 부족하고 여러 대학이 학부나 대학원 과정에서 교육 과정을 개설하기 시작하고 있지만 교수 인력 또한 절대적으로 부족한 것이 현실이며 국내에서 개발된 체계적인 교육 교재는 전무하다고 할 수 있다. 미국을 비롯한 선진국의 경우에도 이 분야에 대한 교과 과정은 아직도 개발 중이며 교과서라는 개념의 교재가 만들어지기까지는 다소 시간이 걸릴 것으로 보인다. 이는 이 분야가 기본적으로 생물학과 전산학의 두 분야를 이해해야만 하며 또한 이 분야 고유의 기반 학문 영역이 있기 때문에 피교육인의 입장에서뿐만 아니라 교수 인력의 입장에서도 갖추어야할 환경, 학문적인 배경이 많이 필요한 분야이며 그만큼 많은 노력을 기울여야 하기 때문이다.



이 책은 저자 신시아 기버스가 버지니아 공대에서 1년 동안 바이오인포매틱스를 가르친 경험을 바탕으로 생물학자들이 바이오인포매틱스 분야를 연구하는 데 실제로 필요한 내용이 무엇인가에 중점을 두고 구성하였다. 현재 바이오인포매틱스 분야에서 쓰고 있는 교재가 많이 있는데, 이 책은 그런 책들과 비교할 때 몇 가지 특징이 있다.



역자들이 바이오인포매틱스의 소개에 중점을 둔 "실제적인 참고서"라는 면에 이 책의 가치를 가장 크게 둔 것처럼, 이 책에서는 교과서적인 바이오인포매틱스 소개보다는 생물학자의 입장에서 활용 가치가 높은 바이오인포매틱스 방법 요약이나 보편적인 분석 도구 및 데이터베이스에 대한 소개를 하고 있으며 핵심적인 사용법과 더불어 이러한 도구에 접근하고 활용하기 위한 전산학적인 기술의 기초를 다루고 있다. 대단히 실전적이고 굉장히 많은 내용을 담고 있다. 그리고 무엇보다 뛰어난 점은 가장 최근의 내용을 다루고 있기 때문에 꽤 오랫동안 참고할 수 있다는 것이다. 생물학자를 위한 "컴퓨터 입문서"와 "유전자 서열 처리용 바이오인포매틱스 도구 활용지침서", 그리고 "계산 화학 기본 소개 및 도구 활용 지침서" 등 3권의 책을 합쳐 둔 듯하다.



제 1부에서는 바이오인포매틱스에 대한 FAQ를 잘 정리해 둔 것처럼 생물학도와 전산학도 모두에게 이 분야의 핵심적인 내용들을 잘 설명하고 있고 그 이후의 내용들은 주로 생물학도를 위해 필요한 컴퓨터 활용 기술과 바이오인포매틱스 도구의 활용 기술을 설명하고 있다. 유닉스 명령어와 셸 스크립트 사용법 등에 대해서도 경험자의 입장에서 매우 유용한 활용법들만 잘 간추려 소개하고 있다. 생물학자가 생물정보학 도구 활용을 최대한 효과적으로 할 수 있도록 활용법 및 도구의 이해를 위한 간략한 기본 이론 설명에 많은 부분을 할애하고 있다. 책의 후반부에서는 고급사용자 수준을 넘어서 펄 언어와 데이터베이스를 사용하여 간단한 도구와 시스템을 제작하기 위한 방법에 대해서도 기술하고 있다. 한편, 생물정보학 도구의 방법론 각각에 대해 요약된 부분들은 이 분야에 관심 있는 전산학자가 쉽게 이해할 수 있도록 잘 정리되어 있다.



또 한 가지 이 역서의 특징은 당연한 이야기지만 한글로 번역되어 있다는 것이다. 실제로 생물학자나 전산학자에게 바이오인포매틱스 분야의 용어가 대부분 매우 낯설고, 이러한 용어들을 직관적으로 이해하기가 힘든 것이 사실이다. 이러한 사실만으로도 이 분야의 입문서에 접근하는 것을 어렵게 만들어왔다. 책의 이곳 저곳에서 눈에 띄는 생소한 번역 부분은(예를 들면, 바이오인포매틱스를 이 책에서는 "생명정보학"이라고 일관되게 번역하였다) 용어가 일반화, 내지 표준화되지 않은 시점에서 초기의 번역자들이 겪는 고충이 드러난 부분이라고 생각되며 이런 면에서 이 책이 앞으로의 번역서를 위해 중요한 참고자료가 될 것이다.



국내에서도 체계적인 교재는 개발되지 않았지만 여러 사람들의 노력에 의해 강의록 책자나 워크샵 교재 및 바이오인포매틱스 간이 실전 소개서 등이 자체 제작된 바가 있었다. 장기적으로는 국내의 연구 인력과 교육 인력에 의해 근사한 바이오인포매틱스 교재가 만들어져야겠지만 단기적이고 산발적이었던 기존의 교재 제작 시도를 잘 정리해 기획할 수만 있다면 국내 연구자들에 의해 비교적 체계적인 교재를 만드는 것도 가능할 것이다.



바이오인포매틱스를 전공하고자 하는 사람들에게 이 책은 쉬운 지침서가 될 것이고 대학의 학부용 교재로 적절히 사용할 수도 있을 것이다. 한편, 이 책의 내용이 다른 바이오인포매틱스 분야의 책에 비해 대단히 쉬운 이유는 전문적이고 세부적이며 장황한 설명을 배제하고 꼭 필요한 부분만 잘 요약해 놓았기 때문일 것이다. 따라서 현재의 국내 상황에서 독학으로 이 분야를 전공하고자 하는 사람은 이 책과 더불어 본격적인 각론을 다룬 바이오인포매틱스 관련 서적이나 연구 논문을 소화해 나갈 수 있어야 할 것이다.



여러 가지 이유에서 이 책이 생물정보학에 관심을 기울이고 있는 사람들에게 유용한 소개서가 될 것이라는 점과 역자들의 노력이 의도했던 생물정보학 소개라는 소기의 목적을 이 책이 충분히 만족시켜 줄 것이라고 생각한다. 이런 면에서 바이오인포매틱스 분야에서 일하고 있는 사람으로서 이 책의 기획자와 역자들에게 개인적으로 감사를 드리는 바이다.



(주)스몰소프트 정보기술연구소 소장 박기정(대표 이사)



스몰소프트는 1999년 1월1일자로 bioinformatics 전문기업이 되겠다는 목표로 출범한 회사로 2000년 1월에 법인으로 전환해 본격적인 회사체제를 갖추어 오고 있다. 회사의 주력은 바이오인포매틱스(bioinformatics)로 선진국에서 10여 년 간 진행되고 있는 게노믹스(genomics)나 최근에 진행되고 있는 포스트 게노믹스(post genomics)에서 중요한 역할을 하고 있는 바이오인포매틱스의 주요 R&D를 수행하면서 게노믹스 파트너나 포스트 게노믹스 파트너로서의 역할을 수행하고 있다. 공동작업을 통해서 시스템 개발에 대한 핵심 R&D 기술을 완성하고 그것을 토대로 상용 패키지를 개발하고 있다. 장기적인 비전은 post genomics를 위한 핵심 기술을 개발함으로써 세계적으로 경쟁력 있는 바이오인포매틱스 전문 기업으로 성장하는 것이다.